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Posts with Citations

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Experimental and comparative oncology: zebrafish, dogs, elephants
One of the exciting things about mathematical oncology is that thinking about cancer often forces me to leave my comfortable arm-chair and look at some actually data. No matter how much I advocate for the merits of heuristic modeling, when it comes to cancer, data-agnostic models take second stage to data-rich modeling. This close relationship […]

Gallaher, J. & Anderson, A.R. (2013). Evolution of intratumoral phenotypic heterogeneity: the role of trait inheritance., Interface Focus, 3 (4) 20130016. arXiv:

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Colon cancer, mathematical time travel, and questioning the sequential mutation model.
On Saturday, I arrived in Columbus, Ohio for the the MBI Workshop on the Ecology and Evolution of Cancer. Today, our second day started. The meeting is an exciting combination of biology-minded mathematicians and computer scientists, and math-friendly biologist and clinicians. As is typical of workshops, the speakers of the first day had an agenda […]

Baker AM, Cereser B, Melton S, Fletcher AG, Rodriguez-Justo M, Tadrous PJ, Humphries A, Elia G, McDonald SA, Wright NA & Simons BD (2014). Quantification of crypt and stem cell evolution in the normal and neoplastic human colon., Cell reports, 8 (4) 940-7. PMID:

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Transcendental idealism and Post’s variant of the Church-Turing thesis
One of the exciting things in reading philosophy, its history in particular, is experiencing the tension between different schools of thought. This excitement turns to beauty if a clear synthesis emerges to reconcile the conflicting ideas. In the middle to late 18th century, as the Age of Enlightenment was giving way to the Romantic era, […]

Post, E.L. (1936). Finite combinatory processes -- formulation 1., Journal of Symbolic Logic, 1 (3) 103-105.

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Se trovi cattivo questo mondo, dovresti vedere gli altri!
In effetti questa è (o dovrebbe essere) la versione estesa di una conferenza di Philip K. Dick alla convention fantascientifica di Metz, in Francia, nel 1977. Non sono riuscito a trovare trascrizioni dell'intervento realmente fatto dallo scrittore a Metz, ma il video (via Open Culture) è abbastanza differente (non troppo rispetto ai contenuti) rispetto al testo (archive.org) successivamente pubblicato sulla Philip K. Dick Society Newsletter #27.Innanzitutto Dick esprime l'idea alla base di […]

Susskind L. (1995). The world as a hologram, Journal of Mathematical Physics, 36 (11) 6377. DOI:

Bousso R. (2002). The holographic principle, Reviews of Modern Physics, 74 (3) 825-874. DOI:

Bekenstein J. (2008). Bekenstein-Hawking entropy, Scholarpedia, 3 (10) 7375. DOI:

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Se trovi cattivo questo mondo, dovresti vedere gli altri!
In effetti questa è (o dovrebbe essere) la versione estesa di una conferenza di Philip K. Dick alla convention fantascientifica di Metz, in Francia, nel 1977. Non sono riuscito a trovare trascrizioni dell'intervento realmente fatto dallo scrittore a Metz, ma il video (via Open Culture) è abbastanza differente (non troppo rispetto ai contenuti) rispetto al testo (archive.org) successivamente pubblicato sulla Philip K. Dick Society Newsletter #27.Innanzitutto Dick esprime l'idea alla base di […]

Susskind L. (1995). The world as a hologram, Journal of Mathematical Physics, 36 (11) 6377. DOI:

Bousso R. (2002). The holographic principle, Reviews of Modern Physics, 74 (3) 825-874. DOI:

Bekenstein J. (2008). Bekenstein-Hawking entropy, Scholarpedia, 3 (10) 7375. DOI:

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EM Algorithm for Bayesian Lasso R Cpp Code
Bayesian Lasso $$\begin{align*} p(Y_{o}|\beta,\phi)&=N(Y_{o}|1\alpha+X_{o}\beta,\phi^{-1} I_{n{o}})\\ \pi(\beta_{i}|\phi,\tau_{i}^{2})&=N(\beta_{i}|0, \phi^{-1}\tau_{i}^{2})\\ \pi(\tau_{i}^{2})&=Exp \left( \frac{\lambda}{2} \right)\\ \pi(\phi)&\propto \phi^{-1}\\ \pi(\alpha)&\propto 1\\ \end{align*}$$ Marginalizing over \(\alpha\) equates to centering the observations and losing a degree of freedom and working with the centered \( Y_{o} \). Mixing […]

Park, T. & Casella, G. (2008). The Bayesian Lasso, Journal of the American Statistical Association, 103 (482) 681-686. DOI:

Figueiredo M.A.T. (2003). Adaptive sparseness for supervised learning, IEEE Transactions on Pattern Analysis and Machine Intelligence, 25 (9) 1150-1159. DOI:

Armagan A., Dunson D.B. & Lee J. GENERALIZED DOUBLE PARETO SHRINKAGE., Statistica Sinica, PMID:

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Non solo orecchio. I musicisti professionisti hanno neuroni specchio specializzati
Trasmetto il seguente comunicato stampa, inviatomi dall'Università di Milano-Bicocca:Il cervello di musicisti professionisti, che hanno studiato approfonditamente uno strumento musicale ed hanno interiorizzato in modo raffinato il collegamento tra gesto e suono, risponde in maniera automatica all’incongruenza tra un gesto musicale ed il suono che viene prodotto, se l’abbinamento non è perfetto. Questo grazie ai neuroni specchio audiovisuomotori, la cui esistenza è […]

Mado Proverbio, A., Calbi, M., Manfredi, M. & Zani, A. (2014). Audio-visuomotor processing in the Musician's brain: an ERP study on professional violinists and clarinetists, Scientific Reports, 4 DOI:

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Falsifiability and Gandy’s variant of the Church-Turing thesis
In 1936, two years after Karl Popper published the first German version of The Logic of Scientific Discovery and introduced falsifiability; Alonzo Church, Alan Turing, and Emil Post each published independent papers on the Entscheidungsproblem and introducing the lambda calculus, Turing machines, and Post-Turing machines as mathematical models of computation. The years after saw many […]

Gandy, R. (1980). Church's thesis and principles for mechanisms., Studies in Logic and the Foundations of Mathematics, (101) 123-148. DOI:

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Dagli equilibri di Nash ai comportamenti collettivi
Quando ho condiviso il tweet qui sotto, non mi ero reso ancora conto del nome che avevo appena letto, eppure avrebbe dovuto suonarmi un campanello nella testa. Continuano i riconoscimenti internazionali per la #matematica dell'Universita' della #Calabria pic.twitter.com/JHIWaVlVGu— Gianluigi Filippelli (@ulaulaman) August 18, 2014Poi dopo è successo che sono andato a ricontrollare (che poi i campanelli magari suonano e semplicemente la suoneria è così bassa che non la senti, […]

Nash, J. (1950). Equilibrium points in n-person games, Proceedings of the National Academy of Sciences, 36 (1) 48-49. DOI:

Nash J. (1951). Non-Cooperative Games, The Annals of Mathematics, 54 (2) 286-295. DOI:

Gottlob G., Greco G. & Scarcello F. (2003). Pure Nash equilibria, Proceedings of the 9th conference on Theoretical aspects of rationality and knowledge - TARK '03, 215-230. DOI:

Greco, G. & Scarcello, F. (2009). On the complexity of constrained Nash equilibria in graphical games, Theoretical Computer Science, 410 (38-40) 3901-3924. DOI:

Goldstone, R. & Janssen, M. (2005). Computational models of collective behavior, Trends in Cognitive Sciences, 9 (9) 424-430. DOI:

Beni G. (1993). Swarm Intelligence in Cellular Robotic Systems, Robots and Biological Systems: Towards a New Bionics?, NATO ASI Series Volume 102 703-712. DOI:

Bonabeau E., Dorigo M. & Theraulaz G. (2000). Inspiration for optimization from social insect behaviour, Nature, 406 (6791) 39-42. DOI:

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Dagli equilibri di Nash ai comportamenti collettivi
Quando ho condiviso il tweet qui sotto, non mi ero reso ancora conto del nome che avevo appena letto, eppure avrebbe dovuto suonarmi un campanello nella testa. Continuano i riconoscimenti internazionali per la #matematica dell'Universita' della #Calabria pic.twitter.com/JHIWaVlVGu— Gianluigi Filippelli (@ulaulaman) August 18, 2014Poi dopo è successo che sono andato a ricontrollare (che poi i campanelli magari suonano e semplicemente la suoneria è così bassa che non la senti, […]

Nash, J. (1950). Equilibrium points in n-person games, Proceedings of the National Academy of Sciences, 36 (1) 48-49. DOI:

Nash J. (1951). Non-Cooperative Games, The Annals of Mathematics, 54 (2) 286-295. DOI:

Gottlob G., Greco G. & Scarcello F. (2003). Pure Nash equilibria, Proceedings of the 9th conference on Theoretical aspects of rationality and knowledge - TARK '03, 215-230. DOI:

Greco, G. & Scarcello, F. (2009). On the complexity of constrained Nash equilibria in graphical games, Theoretical Computer Science, 410 (38-40) 3901-3924. DOI:

Goldstone, R. & Janssen, M. (2005). Computational models of collective behavior, Trends in Cognitive Sciences, 9 (9) 424-430. DOI:

Beni G. (1993). Swarm Intelligence in Cellular Robotic Systems, Robots and Biological Systems: Towards a New Bionics?, NATO ASI Series Volume 102 703-712. DOI:

Bonabeau E., Dorigo M. & Theraulaz G. (2000). Inspiration for optimization from social insect behaviour, Nature, 406 (6791) 39-42. DOI:

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